Najcenniejszym elementem wnętrza są malowidła z pierwszej połowy XVI wieku pokrywające niemal całą powierzchnię ścian nawy. Przedstawiają one historię Zbawienia, rozpoczynającą się od zachodniej części ściany północnej i obiegającą nawę aż do ściany zachodniej. Ta ściana wraz ze ścianami bocznymi podzielone są na kwatery o wysokości około 2 metrów, ułożone w dwie strefy. Narracja przebiega od góry na dół w poszczególnych rzędach kwater i od lewej ku prawej pomiędzy rzędami. Część scen jest obecnie nieczytelna, lub została zniszczona wskutek nowożytnych przeróbek okien.
W ścianie północnej cykl rozpoczyna „Stworzenie Ewy” (widoczny Bóg Ojciec i głowa kobiety) i „Grzech Pierworodny”, poza tym odczytać można tylko „Pokłon Trzech Króli” we wschodniej części ściany. W zamknięciu chóru brak podziału na kwatery; po stronie północno – wschodniej duża postać Marii z Dzieciątkiem, po stronie południowo – wschodniej św. Anna Samotrzeć i niezidentyfikowany święty. Na ścianie wschodniej widać fragmentarycznie zachowany ornament z wici roślinnej. Ściana południowa podzielona jest na dwie strefy kwater, w części wschodniej przedstawiających Jezusa przed Annaszem, następnie „Cierniem Koronowanie”. Dalej nad portalem czytelny tylko ornament „en grisaille” (malowanie szarościami w sposób naśladujący rzeźbę kamienną), następnie „Biczowanie” i na dole „Ecce Homo”. Nad oknem Piłat umywa ręce, niżej scena nieczytelna, pomiędzy oknami czytelne jest jedynie „Niesienie Krzyża”. W zachodniej części ściany dwie duże kwatery: „Ukrzyżowanie” i „Zdjęcie z Krzyża”. Na ścianie zachodniej kolejność narracji ulega zmianie, dwie dolne kwatery na lewo od portalu zawierają „Złożenie do Grobu” i „Chrystusa w Otchłani”, u góry „Zmartwychwstanie” i „Wniebowstąpienie”. Nad portalem scena malowana znów „en grisaille”, być może przedstawiająca uczynek miłosierdzia ( spragnionych napoić). Wreszcie na koniec opowieści, na prawo od portalu jedno wielkie przedstawienie „Sąu Ostatecznego”. Malowidła wełtyńskie powstały w okresie przejściowym od późnego gotyku do renesansu, stąd znajdujemy w nich z jednej strony elementy tradycji gotyckiej – podział ścian na kwatery, schematy poszczególnych przedstawień, a z drugiej wyraźne tendencje właściwe malarstwu nowożytnemu – operowanie barwnym światłocieniem, renesansowe elementy strojów, technika „en grisaille”. Cechy te każą datować malarski wystrój kościoła na lata około 1520 – 1534 (krańcową datą jest rok wprowadzenia na Pomorzu reformacji). Malowidła te, nie odpowiadające po 1534 roku protestanckiemu charakterowi wnętrza pokryto tynkiem najpóźniej w roku 1690. W czasie prac remontowych w roku 1961 dokonano ich ponownego odkrycia i przeprowadzono podstawowe prace konserwacyjne. Do czasów swojej świetności malowidła te jednak jeszcze nie powróciły, choć znawcy przedmiotu twierdzą, że są one tego warte.